Verdorbene Lebensmittel (Konfitüre, Fruchtsäfte, Brot) müssen entsorgt werden. Es reicht nicht, den Schimmel wegzuschneiden, da sich die giftigen Stoffwechselprodukte (z.B. Mykotoxine) im Lebensmittel ausbreiten können. Bei Käse unterscheidet man zwei Schimmelarten: Edelschimmel und Fremdschimmel.
Edelschimmel, z.B. Weissschimmelkäse wie Camembert, Brie oder Tomme sowie Blauschimmelkäse wie Gorgonzola oder Roquefort, ist ungiftig und kann bedenkenlos gegessen werden. Er wird bei der Käseherstellung zugefügt und verleiht einer Käsesorte ihr charakteristisches Aussehen und Aroma.
Beim Fremdschimmel, der sich in verschiedenen Farben als Belag auf der Käseoberfläche zeigt, ist dagegen Vorsicht geboten. Handelt es sich dabei um einen Hart- oder Halbhartkäse (z.B. Emmentaler, Edamer, Tilsiter), können die befallenen Stellen grosszügig weggeschnitten werden. Ist der Schimmel jedoch bis ins Innere vorgedrungen, dann ist der Verderb schon weit fortgeschritten, und der Käse sollte nicht mehr gegessen werden.
Bei Frisch- und Weichkäse reicht es nicht, den Fremdschimmel nur abzuschneiden. Diese Käsesorten enthalten mehr Wasser, sodass der Schimmel leichter bis ins Innere vordringen kann. Schimmelpilze vermehren sich durch Sprossung, sind weiss oder farbig und riechen unangenehm. Sie benötigen hohe Feuchtigkeit und bevorzugen eher tiefe Temperaturen, daher können sie auch im Kühlschrank wachsen. Käsesorten mit Edelschimmel sollten separat oder in Papier eingewickelt gelagert werden, damit die Sporen nicht auf andere Käsesorten übertragen werden. Der Edelschimmel bleibt zwar auch dann harmlos, doch könnte dann nicht mehr herausgefunden werden, welche Schimmelart sich auf dem Käse befindet.